反对转基因食品的人涉及范围较广的各种利益集团，从绿色和平组织到农场主协会到基督教会等等，他们的反对意见集中在三个方面：
第一，转基因违反自然，因而是有害的。支持派则反驳说，现今的各种庄稼早已不是原始品种，否则人们吃的蔬菜就该跟动物吃的草一样。
第二，植物里引入了具有抗除草剂或毒杀害虫功能的基因后，它们所提供的食物对人体是否安全？对这一点，支持派强调，迄今为止并无够资格的研究机构发现转基因食品危害人体健康的证据，但他们对长远的影响还只能作推论，一时难以取得全面的证据以服人。
第三，过于匆忙地推广转基因植物是否可能影响农业和生态环境？推广抗除草剂的转基因作物可能助长农民过量使用除草剂，从而使一些非主要作物受到伤害甚至灭绝。很多发展中国家的农民一直把这类非主要作物当作补充食物或作为饲料。美国渔类和野生动物管理署已发现有74种植物品种受除草剂影响而濒临灭绝。
转基因食品无处不在：土豆，番茄，木瓜，大豆油，色拉油,调和油，饮料，奶粉，饼干......
1998年，美国媒体报道了对英国罗伊特研究所普斯陶教授的专访，他警告人们关注未充分证明其安全性就已经推广的转基因食品，经过试验：用转基因土豆喂老鼠后，老鼠发生器官生长异常，体重和器官重量减轻，并且免疫系统遭到破坏。
转基因食品的安全性一直存在着巨大的争议，目前国际上还没有达成共识。它的存在也只有短短10多年的时间，许多长期影响目前还不得而知，食用转基因食品就如把自己当作白老鼠，有不可预测的风险。因此，对转基因食品应采取预防原则，在长期的安全性还没有完全确定之前，不应该在食品生产中使用转基因原料。
特别是各国政府的高层决策者很难听到转基因生物有什么危害。长此以往，肯定会对人类的未来发展产生致命的错误。
目前，墨西哥禁止种植转基因玉米；欧盟暂缓进口转基因食品；日本、澳大利亚、新西兰等国家都要求在转基因食品上明确贴上标签，说明转基因成分的含量；英国的许多大超市禁止使用转基因生物作为原料生产食品。
欧美之间因"基因瓜果"导致贸易磨擦，原因是欧洲人不愿意吃美国人生产的"基因瓜果"。又后来，美国的一些"有识之士"提出，"基因瓜果"在销售时必须要有标识。新千年开始的3月26日，美国波士顿反基因改造食品大**，3500人趁“生物2000年”大会举行之际，抗议食品制造商未对基因改造食品进行试验，也没有为消费者提供足够的相关信息。
国内已有知情人士忧心忡忡地指出，“转基因食品的研究表明，耐除草剂的转基因大豆，抗癌成份也减少了，抗虫转基因玉米在提高害虫死亡率的同时也影响着益虫的成熟，小动物吃了转基因土豆会使内脏和免疫系统受损，那人呢……”。欧洲人正是因为转基因食物可能对人体有害而禁止在欧洲销售；即使在美国，经销商被规定转基因食物必须具有标识。
1998年8月，英国教授普兹泰发现，老鼠食用了转基因土豆之后免疫系统遭到破坏；美国也有一些害虫的天敌因转基因植物致死的报道；2005年5月22日，英国《独立报》又披露了知名生物技术公司“孟山都”的一份报告，以转基因食品喂养的老鼠出现器官变异和血液成份改变的现象。这些消息在带给全世界震惊的同时，也使更多的人怀疑食用转基因原料制成食品的安全性。
转基因稻米会带来诸多生态环境和食品安全方面的风险。在食品安全方面，由于稻米在大多数情况下是直接食用的主粮，因此其安全性尤为关键。然而该非法转基因稻米的安全性被未经过长期评估，食用它是否安全仍存在很大疑问。
在生态环境方面，由于转基因稻米在种植过程中可能发生转基因逃逸，通过花粉和种子，转基因会转移到相邻的同类型非转基因品种中。在中稻区试时，参加实验的65种水稻密密麻麻地种在一起，相互之间间隔只有大约30厘米，极容易发生转基因逃逸，造成大范围内的基因污染。
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